In ihren Hauptgutachten würdigt die Monopolkommission die Amtspraxis des Bundeskartellamtes insbesondere bei der Anwendung der Vorschriften über die Zusammenschlusskontrolle.
Die Monopolkommission erstellt Sondergutachten über die Wettbewerbsentsentwicklung in den Bereichen Telekommunikation, Post, Elektrizität, Gas und Eisenbahnen.
Die Monopolkommission verfolgt die Tätigkeit der Europäischen Kommission auf den verschiedenen wettbewerbspolitisch relevanten Gebieten. Dies betrifft insbesondere die Amtspraxis der Generaldirektion Wettbewerb bei der europäischen Fusionskontrolle.
Die Monopolkommission ist haushaltsrechtlich dem Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Wirtschaft und Technologie zugeordnet und steht in engem Kontakt mit den wettbewerbspolitischen Referaten.
Die Monopolkommission stützt ihre empirischen Arbeiten zum Stand und zur Entwicklung der wirtschaftlichen Konzentration wesentlich auf die amtliche Statistik. Die Konzentrationstabellen für die Bereiche des Handels und der Industrie basieren auf Sonderaufbereitungen des Statistischen Bundesamtes. Zunehmend werden auch Unternehmensdatenbanken außerhalb der amtlichen Statistik herangezogen.
Die Monopolkommission unterstützt die Vorhaben der Europäischen Union zur Harmonisierung der europäischen Unternehmensstatistik für wettbewerbspolitische Analysen. Hierzu gehört insbesondere die Einrichtung von Unternehmensregistern unter Einbeziehung komplexer Unternehmen (Zusammenfassung aller rechtlich selbständigen Unternehmensteile) und Unternehmensgruppen (Konzerne, Kooperationen etc.).